In de periode 1593-1619 (begin van de Gouden Eeuw) bereikte Enkhuizen haar grootste omvang. Niet alleen werden de middeleeuwse stadsmuren gesloopt en nieuwe,  ruimere wallen aangelegd, maar men groef ook de ene haven na de andere. De hele zuidkant van de stad, van Drommedaris tot aan de nieuwe vestingwal, werd één groot havengebied. Veel handelsschepen vertrokken vanhieruit naar de Oostzee en de Middellandse Zee. Verder was Enkhuizen een vissershaven van belang: de haringvloot alleen al is wel eens geschat op 300 schepen, terwijl de hele Hollandse haringvloot er ongeveer 500 had.  In de tweede helft van de 17 eeuw ging het een stuk slechter met de stad. De havens verloren hun functie en de meeste werden gedempt.   

In de loop van de vorige eeuw werd Enkhuizen steeds populairder bij de pleziervaart en er kwam weer behoefte aan ligplaatsen. Er werden weer nieuwe havens in gebruik genomen. In de dijk naar Lelystad moest een sluis het waterverkeer naar het Markermeer verwerken. De drukte bij deze Krabbegatsluis nam zo'n toevlucht (men sprak van ‘de Kalverstraat van het IJsselmeer’) en gaf zoveel oponthoud voor het wegverkeer dat men in 1999 is begonnen met de bouw van een uniek naviduct.